Флора Копаоника садржи преко 1.500 биљних врста. Овај простор представља један од најзначајнијих центара биолошке разноврсности и ендемизма Балкана, јер у Националном парку живи 91 ендемична и 82 субендемичне биљне врсте. Планину Копаоник нарочито атрактивном чини препознатљив пејзаж са густим четинарским шумама (смрча и јела) на вишим деловима и мешовитим буковим и храстовим шумама у нижим деловима, као и велике површине са изузетно вредним и очуваним еко системима. На Копаонику се налази велики број врста шумских плодова, шумског цвећа и лековитог биља. Ретка ендемска (законом заштићена) биљка, рунолист, може се видети на овој планини. Свет гљива заступљен је са 219 врста, јестивих али и отровних, од којих су неке ретке или су по први пут пронађене управо на Копаонику.

На највишим стаништима Копаоника живе многобројне животињске врсте, а најзначајније су: сиви соко, златни орао, сова, дивља мачка и јелен, планинска шева, крстокљун, живородни гуштер и друге животињске врсте. Фауна сисара обухвата 40 врста. Копаоник је једини познати локалитет на коме је нађена ендемична и реликтна врста дневног лептира Colias Balcanica Rebeli са 138 врста дневних лептира Копаоник спада међу најбогатије планине Балканског полустрва овом групом инсеката. Воде НП „Копаоник“ припадају салмонидном, пастрмском региону и одликују се само рибљим насељима аутохтоне врсте поточне пастрмке. Од XIX века до данас на подручју Копаоника је забележено око 180 врста птица. Копаоник је још 1997. године уврштен у списак међународно значајних подручја за птице (IBA).