Површинске воде на Копаонику су веома чисте и спадају у I класу. Најпознатији извори су:
– Јавор чесма на источној падини Јарма, чија је просечна издашност воде око 50 l/min, а температура 4ºC.
– Између Сребрнца и Брегова, а изнад пута према Гвоздцу, запажа се низ од 7 извора, од којих се ствара мали слап. Ове изворе називају „Седам суза“.
– Извор „Марине воде“ избија на висини од 1.700 m, на југозападној падини Великог Карамана. Температура воде је 4ºC.
– Извор „Крчмар вода“ се налази испод Панчићевог врха на висини од 1.950 m, један је од најхладнијих (4ºC) минералних извора у Србији, са повећаном радиоактивношћу.
– Извори „Пајино пресло“ и „Казновске бачије“ такође имају хладну воду са повећаном радиоактивношћу.

Главни водени ток на Копаонику је Самоковска река. Формира се од великог броја притока (Марине воде, Карамански поток и други потоци). Горњи ток реке прави велики број „меандра“, да би од Пашиног бачишта и Штирњачког луга пробила себи клисуру и даље текла са великим падом према реци Јошаници. Већина водених токова Копаоника припадају сливу Ибра и Топлице: Барска река, Лисинска, Рудничка, Здравачка, Рељинска.